שיתוף מאמרים丨An AI-CRISPR-Cas14a Microfluidic Platform לזיהוי מדויק באתר-של וירוסי מזל תאומים בצמחי עגבניות ובזבובים לבנים

Apr 09, 2026 השאר הודעה

news-869-468
וירוסי מזל תאומים מהווים איום חמור על ייצור העגבניות העולמי באמצעות אבולוציה מהירה והעברת זבוב לבן ברחבי העולם. שיטות הזיהוי הנוכחיות מכוונות בעיקר לצמחים סימפטומטיים, ולעתים קרובות מספקות תוצאות אבחון רק לאחר שהעומסים הנגיפים הגיעו לרמות הניתנות להעברה, מה שהופך את בקרת המחלה ללא יעילה. התערבות מוקדמת תלויה בזיהוי זיהומים לפני הופעת התסמינים-או אפילו בזיהוי נוכחות ויראלית בוקטורים של חרקים לפני שהם מעבירים וירוסים לצמחים. בעוד שההתקדמות האחרונה בהגברה איזותרמית ובאבחון מבוסס CRISPR- מציעה פתרונות פוטנציאליים, הטמעה המעשית עומדת בפני מגבלות טבועות: חוסר תאימות בין מערכות הגברה אנזימטית ומערכות CRISPR, סיכוני זיהום כתוצאה מהליכים מרובי-שלבים ויכולת הסתגלות לא מספקת בשטח של התקני זיהוי. כדי להתמודד עם האתגרים הללו, פיתחנו את MaC14a-פלטפורמת מיקרופלואידית משופרת בינה מלאכותית- המשלבת הגברה מהירה של מולטי-אנזים א-סימטריים (aMIRA) עם CRISPR-Cas14a. מערכת זו מתגברת על מחסומים טכניים עיקריים על ידי אופטימיזציה של סטוכיומטריית פריימר ליצירת ssDNA עבור הפעלת Cas14a-בלתי תלויה ב-PAM, משיגה זיהוי רגיש במיוחד (10 fM) תוך ביטול זיהום צולב- באמצעות תגובות- של צינור בודד. יחד עם שבב מיקרו-נוזל צנטריפוגלי, זיהוי אופטי נייד ופרשנות אותות- מבוססת למידת מכונה, MaC14a מאפשר זיהוי מרובה של ארבעה וירוסי תאומים בתוך 5 דקות, ומפגין דיוק אבחון של 100% עבור דגימות צמחים ודגימות זבוב לבן כאחד. פריצות הדרך שלה כוללות: (i) זיהוי זיהום פרה-סימפטומטי בצמחים, ו-(ii) קביעה מדויקת של נשא ויראלי בזבובים לבנים בודדים -מילוי פער טכנולוגי קריטי במעקב- לפני ההעברה. מעבר לאספקת כלי חדשני לניהול וירוסים, מחקר זה מבסס פרדיגמת "AI-CRISPR-microfluidics" להגנה על יבולים. על ידי העברת הפוקוס מצמחים סימפטומטיים לוקטורים וירוסים וזיהומים אסימפטומטיים, טכנולוגיה זו מציעה פתרון טרנספורמטיבי לשיבוש מחזורי העברה ויראליים במקורם.
 
news-1000-813
זרימת עבודה משולבת של מערכת MaC14a למעקב אחר וירוסים מרובים.
(א) מנגנון של זיהוי חומצת גרעין בתיווך aMIRA-Cas14a-. סכמטי הממחיש aMIRA-הגברת ssDNA מונעת יחד עם זיהוי ssDNA עצמאי PAM של Cas14a ופעילות מחשוף צדדי, המאפשרים זיהוי-צינור יחיד (תואם למכשירי PCR פלואורסצנטי-בזמן אמת) או -ניתוח צנטריפוד מותאם אישית של מכשירים). (ב) זרימת עבודה של זיהוי מיקרופלואידי (MaC14a) עבור אבחון{12}}ניתן לפריסה. שלבי הזמן מצוינים בחצים, המציגים את משך כל תהליך בתוך הנתח הנייד. (ג) תרשים זרימה של אלגוריתם זיהוי-בזמן אמת המבוסס על רשתות זיכרון ארוך-קצר (LSTM). האלגוריתם האופטימלי מאפשר עיבוד בזמן אמת של אותות פלואורסצנטי-, ומאפשר פרשנות של תוצאות תוך 5-10 דקות.
 
news-900-677
מערכת הזיהוי aMIRA-Cas14a
(א) התרשים הסכמטי ממחיש את מנגנון התגובה של פלטפורמת זיהוי aMIRA-Cas14a. (ב) פעילות המחשוף הספציפית של Cas14a על מוצרי aMIRA אומתה באמצעות ניתוח ג'ל אלקטרופורזה (C) ניתוח השוואתי של שיטות זיהוי של-שלב אחד ושני-שלבי aMIRA-Cas14a. הערה: בפרוטוקול התגובה הדו--שלב, התהליך מתחיל בהגברת aMIR של 20-דקות, ולאחר מכן הוספת מערכת הזיהוי Cas14a לניטור הקרינה. כתוצאה מכך, אוסף אותות הקרינה מתחיל בנקודת הזמן של 20 דקות. (D) ו-(E) ניסויי אופטימיזציה נערכו כדי לקבוע את יחסי הפריימר האופטימליים קדימה ואחורה. (F-I) הספציפיות של מערכת aMIRA-Cas14a אומתה באמצעות זיהוי של ארבע מטרות ויראליות שונות (TYLCCNV,TYLCV, TOLCNDV ו-TbCSV) בדגימות צמחים. הדגימה המעורבת (המוגדרת כ-Mix) הוכנה על ידי שילוב נפחים שווים של כל תכשיר DNA ויראלי.

כדי להשיג הגברה של אות עבור כמויות עקבות של חומצות גרעין ויראליות ולספק מצעים מספיקים ל-Cas14a, פיתחנו aMIRA (הגברה מהירה אסימטרית מולטי-אנזים א-סימטרית) המבוססת על MIRA. מערכת aMIRA-Cas14a שהתקבלה מציעה את היתרונות העיקריים הבאים:

1. סטואכיומטריית פריימר אופטימלית מאפשרת ל-MIRA לייצר יתר על המידה ssDNA, המשמש כמצע הישיר ל-Cas14a. על ידי התאמת יחס ה-primer קדימה-ל-להפוך ל-20:1, המערכת מייצרת מספיק ssDNA כדי להפעיל את פעילות המחשוף העצמאית של PAM- של Cas14a, המזהה ומסלקת ssDNA באופן ספציפי.
2. שילוב אחד של MIRA ו-CRISPR-Cas14a מבטל סיכוני זיהום צולב.
3. MIRA משפר משמעותית את רגישות הזיהוי, ומאפשר זיהוי של חומצות גרעין ויראליות בכמות נמוכה במיוחד.
4. aMIRA-Cas14a שומר על ספציפיות גבוהה, תוך הימנעות מתוצאות חיוביות שגויות הנגרמות על ידי הגברה לא ספציפית.

בסופו של דבר, שילוב ה-one-pot של MIRA ו-CRISPR-Cas14a מבטל סיכוני זיהום ומשיג סינרגיה מושלמת בין החוזקות של MIRA לבין מערכת CRISPR-Cas14a. זה פותר את האתגר הענף של חוסר תאימות בין הגברה איזותרמית ומערכות CRISPR, המייצגים את פריצת הדרך הטכנולוגית המרכזית של פלטפורמת ה-MaC14a. מערכת aMIRA-Cas14a משיגה שיפור של פי 1,000 ברגישות תוך הבטחת הגברה ספציפית. בשילוב עם הזיהוי הספציפי לרצף של Cas14a, זה מספק אימות סגוליות דו-שכבתי, ללא תגובתיות צולבת נגד וירוסים שאינם מטרה או דגימות בריאות-הנותנות מענה לנקודת כאב נוספת בתעשייה: הנטייה לתוצאות חיוביות שגויות.

ריאגנטים להגברה מהירה של MIRA מולטי-אנזים המשמשים במחקר זה סופקו על ידי Amp-Future (Changzhou) Biotech Co., Ltd. מעבר לביצועי ריאגנטים מצוינים, Amp-future Biotech מציעה גם צוות תמיכה טכנית מקצועי ומגיב במהירות.
 

MIRA מפגין תאימות חזקה עם שבבים מיקרו-נוזליים מבוססי-צנטריפוגות שפותחו עבור יישומי מחקר ואבחון:

1. מערכת תגובה ממוזערת, מתאימה לתאי תגובה בנפח מיקרו- האופייניים לשבבים מיקרו-נוזליים;
2. יכולת זיהוי מרובה בריצה אחת;
3. תאימות עם מכשירים ניידים, זרימות עבודה חלקות ממדגם לתוצאה.

 

news-900-613
ארכיטקטורת הנתח והשבבים הניידים.
(א) תמונה מפוצצת של מכשיר הזיהוי הנייד, המראה את הרכיבים העיקריים. (ב) ארכיטקטורה מודולרית של השבב המיקרופלואידי הצנטריפוגלי. (ג) בקרת נוזלים מונעת צנטריפוגה. ניתוח של מסלולי הובלה של נוזלים תחת כוחות צנטריפוגליים הניתנים לתכנות.
 

הנדסנו מכשיר נייד משולב "דוגמת-in, answer-out"-of-care testing (POCT) המותאם לפריסה בשטח, כפי שמוצג באיור. 4א. אב הטיפוס הקומפקטי (23 ס"מ (L) × 21 ס"מ (W) × 14 ס"מ (H), מסה כוללת של 12.5 ק"ג) משיג ניידות יוצאת דופן. מרכיבי הליבה של המערכת כוללים מנוע סרוו{11}}בדיוק גבוה לבקרת סיבוב מדויקת ויחידת חימום אוויר לוויסות טמפרטורה. מודול זיהוי אופטי משולב, הממוקם מתחת לשבב, מקל על עירור ומדידה של פלואורסצנציה, ומבטיח רגישות ודיוק גבוהים בזיהוי. המכשיר הנייד מצויד במערכת הפעלה אנדרואיד משובצת, המציעה ממשק{14} ידידותי למשתמש שבו המפעילים יכולים לבחור קובצי פעולה מתוכנתים מראש המכילים פרמטרים מפורטים כגון זמן תגובה וטמפרטורה. תוצאות ומסקנות מוצגות בזמן אמת-במסך LCD, מה שמאפשר רכישת מידע מהירה. בנוסף, המערכת משלבת מודול תקשורת אלחוטי התומך בהעברת נתונים בזמן אמת למכשירים ניידים או שרתי ענן, תוך שילוב עם אלגוריתמים של בינה מלאכותית לפירוש וניתוח מיידי של תוצאות הבדיקה.

 

news-800-847

כדי להעריך את היכולת של מערכת ה-MaC14a לגלות נשא ויראלי בוקטורים של חרקים, ערכנו מבחני רכישת TYLCV באמצעות
אוכלוסיות Bemisia tabaci. זבובים לבנים הורשו לתקופת האכלה של 3-ימים על צמחים נגועים ב-TYLCV ולאחר מכן עברו עיבוד באמצעות
מערכת MaC14a (איור ד'). ניתוח שלאחר מכן גילה כי 8 מתוך 10 זבובים לבנים שנבדקו (80%) הפגינו אותות ויראליים חיוביים (איור E). חשוב לציין, כל הדגימות מקבוצת הבקרה השלילית (המוזנת אך ורק מצמחים בריאים) שמרו על רמות הקרינה הבסיסיות. תוצאות אלו מוכיחות שמערכת MaC14a יכולה לזהות במדויק את הפוטנציאל של הנגיף{10} להדגיש את הפוטנציאל שלו{10 ניטור ובקרה של העברה ויראלית במסגרות חקלאיות.
בניסוי אימות כפול-סמיות עוקב, בדקנו 20 דגימות עלי עגבניות (S1–S20) שנאספו משני אזורי גידול חממה בהאנגג'ואו, מחוז ג'ה-ג'יאנג, סין, ושתי חממותאזורי טיפוח בננינג, מחוז גואנגשי, סין. כל אזורסיפק חמש דגימות עלי עגבניות המציגות תסמינים אופייניים של ויראליזיהום (כגון כלורוזיס, כתמת פסיפס וסלסול עלים) וחמישהזבובים לבנים (20 בסך הכל). מערכת ה-MaC14a המשופרת של AI- סיפקה מחדשתוצאות בדקה החמישית, שהיו עקביות לחלוטין עם אלה שהתקבלומפלטפורמת בדיקת aMIRA-Cas14a ו-qPCR של 60-דקות, המדגימההסכמה של 100% (איורים F, S6-S7, טבלה S3). בנוסף, הנגיףמינים שזוהו בדגימות הצמחים היו עקביים מאוד עם אלהמזוהים בחרקים הווקטוריים מאותו אזור גידול. אֵלֶההתוצאות מדגישות את הפוטנציאל המשמעותי של-MaC14a משופר בינה מלאכותית ב--אבחון וירוסים באתר, השגת מהירות גבוהה (מחומצת גרעיןחילוץ לתוצאה של קריאה תוך 10 דקות בלבד), דיוק גבוה (עקביעם תוצאות qPCR), וניידות.

שלח החקירה

whatsapp

טלפון

דוא

חקירה